SyntaxHighlighterはJavaScriptで書かれていて、GPLで配布されています。使い方は簡単で、コードの部分を囲んだ<pre>タグにclassを指定し、コードを含むページの最後に実行用の<script>タグを挿入するだけです。

まず、SyntaxHighlighterをダウンロードして、Webサーバ上の適当なところに配置します。

次に、SyntaxHighlighterを使いたいページの</body>タグの直前あたりに、次の<script>タグを挿入します。

<link type="text/css" rel="stylesheet" href="/[cssファイルへのパス]/SyntaxHighlighter.css"></link>
<script language="javascript" src="/[jsファイルへのパス]/shCore.js"></script>
<script language="javascript" src="/[jsファイルへのパス]/shBrushCpp.js"></script>
<script language="javascript" src="/[jsファイルへのパス]/shBrushCss.js"></script>
<script language="javascript" src="/[jsファイルへのパス]/shBrushXml.js"></script>
<script language="javascript" src="/[jsファイルへのパス]/shBrushPhp.js"></script>
...
（必要なjsファイルを全て読み込みます。）
<script language="javascript">
dp.SyntaxHighlighter.ClipboardSwf = '[swfファイルへのパス]/clipboard.swf';
dp.SyntaxHighlighter.HighlightAll('code');

最後に、Webページの中で色付けをしたいコードを次のタグで囲みます。classには、言語エイリアスにしたがって、コードの言語を指定します。また、言語の後に:(コロン)でオプションをつけることで、行番号やコードの上部に表示されるコントロールをの表示/非表示を切り替えたり、(nocontrolls, nogutter)行番号のはじめの値を設定したり(firstline)できます。

<pre name="code" class="php">
... some code here ...
</pre>

他にも同じ働きをするものには"google-code-prettify"等もありますが、私は行番号も表示してくれて色使いがきれいなSyntaxHighlighterが気に入りました。お好みで選ぶと良いと思います。